W okresie nowożytnym za jednego z prekursorów zorganizowanego kontrwywiadu uznaje się Francisa Walsinghama, sekretarza stanu królowej Elżbiety I, który rozbudował sieć informatorów, stosował agentów podwójnych i dezinformację oraz rozpracował spiski wymierzone w monarchię.
W XIX wieku wyspecjalizowane służby zaczęły łączyć ochronę porządku wewnętrznego ze zwalczaniem obcej agentury. W Rosji po zamachu na Aleksandra II powołano Ochranę, która obok zwalczania ruchu rewolucyjnego prowadziła działania kontrwywiadowcze, między innymi przez zagraniczną agenturę w Paryżu. W Austro-Węgrzech zadania te realizowało Evidenzbüro, którego głośnym niepowodzeniem była sprawa pułkownika Alfreda Redla, zdemaskowanego w 1913 oficera kontrwywiadu współpracującego z rosyjskim wywiadem.
Powstanie nowoczesnych służb mały|Thames House w Londynie, siedziba brytyjskiej Służby Bezpieczeństwa, jednej z najstarszych wyspecjalizowanych służb kontrwywiadu Wyodrębnienie kontrwywiadu jako osobnej, cywilnej służby nastąpiło na początku XX wieku. W Wielkiej Brytanii w 1909 utworzono Secret Service Bureau, kierowane przez Vernona Kella (sprawy krajowe) i Mansfielda Cumminga (sprawy zagraniczne), z którego w 1910 wyodrębniono późniejsze Służbę Bezpieczeństwa (MI5) oraz wywiad zagraniczny.