Razem z paleobiolożką, Elisabeth S. Vrba zaproponowali termin egzaptacje dla wyjaśnienia zmian cech (pióra mogły najpierw służyć do termoregulacji, by następnie stać się podstawą lotu), które wcześniej miały inne przystosowanieStephen Jay Gould, Elisabeth S. Vrba. Exaptation—a missing term in the science of form. „Paleobiology”. 8, s. 4-15, 1982. Peleontologial Society. (ang.).
Wraz z Nilesem Eldredgem sformułował nowe stanowisko w ramach ewolucjonizmu, nazywane punktualizmem (w kontrze do gradualizmu). Głównym uzasadnieniem tego stanowiska była koncepcja przerywanej równowagiGould S.J., Eldredge N. (1977), Punctuated Equilibria: The Tempo and Mode of Evolution Reconsidered, „Paleobiology”, vol. 3: 115–151.D.Futuyama, Ewolucja, PWN, Wyd. I, 2008,s.510. W tym modelu długie okresy zmian nieznacznych są przerywane okresami zmian gwałtownych (liczących setki tysięcy lat). Jak wskazuje Futuyama wiele dowodów wskazuje, że zmiany cech przyjmują różne tempo i przebieg. Futuyama dodaje, że jak na razie niewiele dowodów wskazuje jednak, że ewolucja zachodzi w sposób wskazany przez Goulda i Eldridge'a, a ich model jest "prawie na pewno błędny". Zwrócili jednak oni uwagę wielu badaczy na zagadkowe i ważne zjawisko stazy- zastoju., wskazująca, że specjacja jest zjawiskiem skokowym w czasie geologicznym, a nie stopniowym (tzw.