od kwietnia 1940 dla Niemców były przeznaczone tylne platformy wozów silnikowych i doczepnych. We wrześniu 1940 wprowadzono specjalne oznaczenia wagonów tramwajowych przeznaczonych wyłącznie dla Żydów. 1 lipca 1941 utworzono przedsiębiorstwo „Städtische Verkehrsbetriebe Warschau”, które zajęło się eksploatacją linii tramwajowych.

Po utworzeniu getta w listopadzie 1940 trzy linie tramwajowe przeznaczono wyłącznie dla Żydów; w lutym 1941 w miejscu zlikwidowanych linii w dzielnicy zamkniętej uruchomiono jedną linię oznaczoną niebieską Gwiazdą Dawida. Kilka linii przejeżdżało przez getto tranzytem nie zatrzymując się na przystankach.

W lutym 1941 roku Miejskie Zakłady Komunikacyjne wraz z czterema innymi najbardziej dochodowymi przedsiębiorstwami miejskimi weszły w skład grupy Przedsiębiorstw Zaopatrywania i Komunikacji, która została wyłączona spod kompetencji komisarycznego burmistrza miasta Juliana Kulskiego, podporządkowana Urzędowi Pełnomocnika Szefa Okręgu na m. Warszawę i zaczęła być nadzorowana przez Ernesta Dürrfelda.

W kwietniu 1942 uruchomiono linię „0” wyłącznie dla Niemców. W sierpniu 1942 w tramwajach zaczęto zatrudniać kobiety konduktorki.