PNKK w RP, zarejestrowany dopiero w 2006, przyjął zbliżoną nazwę i odwołał się do dziedzictwa Hodura oraz polskiej misji PNKK. Nie oznacza to jednak ciągłości osoby prawnej ani jurysdykcyjnej tożsamości z amerykańskim PNKK. W korespondencji opublikowanej w 2007 władze PNKK w Stanach Zjednoczonych i Kanadzie stwierdziły, że warszawska wspólnota nie jest częścią ich Kościoła. PNKK w RP odpowiadał wówczas, że nie twierdzi, iż taka jedność już istnieje, lecz deklaruje dążenie do jej osiągnięcia.
Historia PNKK w RP Konflikt w Kościele Polskokatolickim (1995–2006) Bezpośrednia geneza PNKK w RP wiąże się ze sporem wewnątrz Kościoła Polskokatolickiego po wyborze Wiktora Wysoczańskiego na zwierzchnika tego Kościoła w 1995. Jednym z ośrodków konfliktu stała się parafia Dobrego Pasterza przy ul. Modlińskiej 205A w Warszawie. W 2003 z listy duchowieństwa Kościoła Polskokatolickiego skreślono Jerzego Rybkę, ówczesnego proboszcza tej parafii, oraz Tomasza Rybkę. W 2005 władze Kościoła Polskokatolickiego zniosły parafię, lecz część jej duchownych i wiernych pozostała przy świątyni i rozpoczęła organizowanie odrębnej wspólnoty.