W marcu 1897 miejscowa parafia zerwała więź administracyjną z Kościołem rzymskokatolickim; wydarzenie to jest uznawane za początek Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego w Stanach Zjednoczonych.

Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości amerykański PNKK rozpoczął działalność misyjną w kraju. Pierwsze placówki powstawały od 1921, a w 1924 V Synod Generalny PNKK formalnie ustanowił diecezję misyjną w Polsce. Jej organizatorem był bp Franciszek Bończak, natomiast od 1931 kierował nią bp Józef Padewski. Rozwój wspólnoty utrudniał brak pełnego uregulowania jej sytuacji prawnej w II Rzeczypospolitej.

Po II wojnie światowej polska diecezja misyjna została poddana silnej presji władz komunistycznych. W 1951 jej więź organizacyjna z PNKK w Stanach Zjednoczonych została zerwana, a wspólnota przyjęła nazwę Kościół Polskokatolicki. Współcześnie zarówno opracowania naukowe, jak i sam Kościół Polskokatolicki przedstawiają go jako instytucjonalnego następcę przedwojennej i powojennej misji PNKK w Polsce.