Uczestnicy sporu odmiennie opisywali jego przyczyny, legalność decyzji personalnych i status majątku parafialnego. Źródła związane z powstającym PNKK w RP przedstawiały wydarzenia jako obronę samorządności parafii i tradycji narodowokatolickiej, natomiast władze Kościoła Polskokatolickiego uznawały nową organizację za rozłam. Ze względu na polemiczny charakter tych przekazów nie można na ich podstawie rozstrzygnąć racji stron; bezsporne pozostaje wyodrębnienie się grupy skupionej wokół warszawskiej parafii.
Rejestracja i pierwsze lata działalności (2006–2009) 6 października 2006 minister właściwy do spraw wyznań wpisał Polski Narodowy Katolicki Kościół w Rzeczypospolitej Polskiej do rejestru kościołów i innych związków wyznaniowych pod numerem 164. Rejestracja utworzyła podstawę prawną działania nowego związku wyznaniowego, nie była natomiast orzeczeniem o jego kościelnej sukcesji po misji PNKK istniejącej w Polsce przed 1951. Na tę różnicę zwracały uwagę także współczesne relacje prasowe.