Okazuje się, że Miki porwała mafię, z którą kontakt miał doktor Ōkubo. Celowo sabotował on Projekt T, aby później użyć Miki do kontrolowania Godzilli i zdobycia mafijnych wpływów. Na ratunek Miki ruszają Yūki, Kōji i Kiyo, którym udaje się ją odbić. W międzyczasie Kosmogodzilla przelatuje nad kolejnymi japońskimi miastami, a za nim podąża Godzilla. Wkrótce zmodyfikowana MOGUERA z Yūkim, Kōjim i Kiyo jako pilotami zostaje wysłana do Fukuoki, gdzie Kosmogodzilla tworzy swoją krystaliczną twierdzę wokół . Sytuacja komplikuje się, gdy w zatoce Kagoshima pojawia się Godzilla. Yūki, nadal pałający do niego urazą, decyduje się go zaatakować, wbrew dowództwu i reszcie pilotów. Kōji ogłusza go, po czym z powrotem udaje się w stronę Fukuoki.
MOGUERA początkowo radzi sobie w walce z Kosmogodzillą, lecz ostatecznie zostaje powalona. Gdy na miejsce dociera Godzilla, Kosmogodzilla ujawnia kolejne zdolności dające mu przewagę. Godzilla orientuje się, że siła jego wroga leży w kryształach, więc zaczyna je niszczyć. Po odkryciu powiązania Fukuoka Tower z Kosmogodzillą, piloci MOGUERY rozdzielają robota na dwa pojazdy: Star Falcon i Land Moguera, atakując więżę, co dodatkowo osłabia wroga. Wspólnie z Godzillą niszczą kryształy na barkach Kosmogodzilli, ale MOGUERA ulega poważnemu uszkodzeniu, a załoga musi się ewakuować.