Doktor Ōkubo uznaje Projekt T za niewypał i nakazuje opuszczenie wyspy, jednak Miki, obawiająca się o Godzillę i jego syna, decyduje się zostać. Kōji, zaczynający coś czuć do Miki, postanawia jej dotrzymywać towarzystwa wraz z Kiyo.
W siedzibie Counter-G trwa analiza pochodzenia kosmicznego potwora, nazwanego Kosmogodzillą ze względu na podobieństwo jego komórek do tych u Godzilli. Doktor Gondō spekuluje, iż komórki Godzilli znalazły w kosmosie albo z powodu Biollante, innego klona Godzilli, bądź podczas walki z Mothrą i Battrą. Komórki wchłonięte przez czarną dziurę i asymilowane przez kryształy zrodziły Kosmogodzillę. Pułkownik Asō mianuje Yūkiego pilotem przerabianej MOGUERY. Tymczasem na Wyspie Narodzin Kōji próbuje nawiązać kontakt z Miki, która mówi mu, że Godzilla też ma uczucia. Nocą nieznani sprawcy napadają Kōjiego i Kiyo oraz porywają Miki. Wkrótce Counter-G zostaje poinformowane o sytuacji. Doktor Gondō ma pomysł, kto mógł stać za porwaniem. Wyjaśnia się też skąd u Yūkiego nienawiść do Godzilli. Otóż jej brat Gorō, który zginął w 1989 roku podczas ataku Godzilli, był najlepszym przyjacielem Yūkiego i ten z tego powodu chce się zemścić.