Tymczasem niespodziewanie dziwny kosmiczny potwór atakuje stację NASA. ONZ podejmuje decyzję o wysłaniu MOGUERY na inspekcję. W tym samym czasie Miki odwiedzają Cosmos, wróżki Mothry, które przekazują jej informacje o zbliżającym się do Ziemi kosmicznym potworze. Jego celem jest zabicie Godzilli, aby ułatwić sobie podbój planety. Ostatecznie Miki zgadza się na udział w Projekcie T i przybywa na Wyspę Narodzin wraz z doktor Gondō i doktorem Ōkubo. Wkrótce miny z gazem łzawiącym, zastawione przez Yūkiego, wykazują skuteczność – najpierw przypadkowo wpada na nie mały Godzilla, a potem dorosły Godzilla, wyłaniający się z wody. Ekipie G-Force udaje się wszczepić Godzilli emiter telepatyczny, a dzięki wsparciu Miki wydaje się, że plan kontroli działa.
W przestrzeni kosmicznej MOGUERA toczy walkę z kosmicznym potworem, który łudząco przypomina Godzillę. Ostatecznie maszyna nie jest w stanie powstrzymać bestii i musi awaryjnie wrócić na Ziemię. Kosmiczny potwór dociera na Wyspę Narodzin i atakuje małego Godzillę. Widząc swoje dziecko w niebezpieczeństwie, Godzilla staje do walki, jednak nie jest w stanie pokonać przeciwnika. Ostatecznie zostaje powalony, a mały Godzilla uwięziony w klatce z kryształów. Kosmiczny potwór odlatuje z wyspy, a Godzilla niezwłocznie podąża za nim.