Zachowanie To ptak typowo dzienny o największej aktywności w godzinach porannych. W miejscu gniazdowania można zobaczyć go pojedynczo, w parach lub grupach rodzinnych. Trudny do zauważenia, gdyż większość czasu przebywa w koronach drzew, gdzie prowadzi skryty tryb życia. Można go zobaczyć jak macha ogonem, czasem go stawiając, podczas gdy jego skrzydła zwisają.
Biotop thumb|left|Szlak migracji północnośrodkowoeuropejskich muchołówek małych Występuje na terenie całej Polski w starych liściastych i mieszanych lasach nizin, wyżyn i gór o bogatym podszycie, ze względu jednak na to, że tego rodzaju drzewostany zachowały się w niewielu okolicach, należy obecnie do ptaków rzadszych. Spotkać go można w mieszanych buczynach górskich i podgórskich oraz w lasach jodłowo-bukowych (naturalnych i zbliżonych do pierwotnych). Przebywa wysoko w koronach drzew (preferuje te próchniejące). Przy występowaniu zwartych lasów liściastych jego areał w Europie rozpada się na izolowane stanowiska. Wymaga ponad 80–100 letnich drzewostanów, cienistych, próchniejących i z liczną entomofauną, która zapewni mu pokarm. Sporadycznie samce słyszano w dojrzałych świerczynach z nielicznym udziałem starych buków oraz w dużych zadrzewieniach śródpolnych. Preferuje miejsca wilgotne i zacienione, np.