zalewiska.
Siedliska istotne dla muchołówki małej: kwaśne buczyny Luzulo-Fagenion żyzne buczyny Dentario glandulose-Fagenion, Galio odorati-Fagenion górskie jaworzyny ziołoroślowe Aceri-Fagetum ciepłolubne buczyny storczykowe Cephalanthero-Fagenion grąd subatlantycki Stellario-Carpinetum grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny Galio-Carpinetum, Tilio-Carpinetum łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe Salicetum albo-fragilis, Populetum albae, Alnenion glutinoso-incanae, olsy źródliskowe łęgowe lasy dębowo-wiązowo-jesionowe Ficario-Ulmetum
Pożywienie thumb|Wystawione elementy roślin są dobrym miejscem dla wypatrywania latającej zdobyczy Owady, przeważnie dwuskrzydłe – muchy i małe motyle (również ich larwy i poczwarki), oraz pajęczaki. Wymaga dużych ich ilości. Łowi je w koronach drzew w locie, najpierw wypatrując ofiar z eksponowanego miejsca, np. z suchej, bezlistnej gałęzi. W pogoni może dotrzeć do dość gęstych krzaków i zadrzewień w parkach. Może też je zbierać ze spodniej strony liści, zawisając w powietrzu jak koliber. Pod koniec lata dieta staje się bardziej roślinna. Pojawiają się w niej owoce bzu czarnego i koralowego.