W III wieku problemy związane z kontrolą nad interiorami prowincji zaczęły się nasilać. Lokalni wodzowie berberyjscy zachowali znaczny stopień niezależności, a w późnym III i IV wieku dochodziło do poważnych wystąpień przeciwko władzy rzymskiej.
Jednym z najpoważniejszych kryzysów późnego okresu rzymskiego było powstanie około 372–375. Firmus, przywódca berberyjski, wystąpił przeciwko władzom rzymskim w Mauretanii. Jego bunt objął znaczne obszary prowincji i wymagał interwencji dużych sił cesarskich. Przeciwko Firmusowi wysłano , ojca późniejszego cesarza Teodozjusza I. Kampania trwała kilka lat i zakończyła się pokonaniem rebeliantów. Powstanie pokazało ograniczenia rzymskiej kontroli nad interiorami Mauretanii oraz rosnące znaczenie lokalnych struktur władzy.
Panowanie wandalów W 429 Wandalowie pod wodzą Genzeryka rozpoczęli podbój Afryki Północnej. W kolejnych latach ich państwo objęło znaczną część dawnych rzymskich prowincji afrykańskich. Caesarea znalazła się pod kontrolą Wandalów w czasie ich podboju Afryki. Źródła archeologiczne wskazują, że centrum miasta było jeszcze odnawiane około czasu podboju wandalskiego, zanim w późniejszym okresie nastąpiło jego stopniowe załamanie.