W 1614 Paweł Rzymianin przestał kierować przykościelną fabryką, a jego zadania przejął na 4 lata Ambroży NutclaussNaprawdę nazywał się Neberne Nutclauss i był Retoromaninem z Engadyny w Alpach Szwajcarskich; . Po nim z kolei kierownictwo robót przejął pochodzący z Wrocławia Andrzej Bemer. On jest projektantem i budowniczym charakterystycznej, zachowanej do dziś fasady kościoła w stylu manieryzmu niderlandzkiego oraz stojącej obok wieży. Ok. 1619 roku w kościele zbudowano manierystyczny ołtarz główny z obrazem Matki Boskiej z Dzieciątkiem i z rzeźbami św. Antoniego Padewskiego i św. Bernardyna ze Sieny.
Ok. 1620 rozpoczęto budowę klasztoru. Ponieważ w tym czasie południowo-wschodnim rubieżom Rzeczypospolitej zagrażała Turcja, całe założenie kościelno-klasztorne, położone poza murami miasta, zostało silnie ufortyfikowane.
Budowa kościoła dobiegła końca w 1630 i w tym samym roku konsekrował go Jan Andrzej PróchnickiAntoni Schneider. Encyklopedya do Krajoznawstwa Galicyi. T. 1. Lwów : Drukarnia Zakładu Narodowego im. Ossolińskich, 1871, s. 67..