W efekcie trwających kilkadziesiąt lat prac budowlanych powstało dzieło o wybitnej wartości artystycznej. Najbardziej charakterystycznym elementem architektonicznym była fasada Bemera, oblicowana kamieniem i ujęta pilastrami w porządku toskańskim. Szczyt fasady i spływy boczne udekorowano ornamentem okuciowym i licznymi rzeźbami. Również wewnątrz świątynia prezentowała się okazale. Uznanie współczesnych wzbudziła zwłaszcza dekoracja sklepienia, po której pozostały stiukowe figury świętych. W prezbiterium wzniesiono manierystyczne stalle. W 1608 wojewoda ruski i kasztelan lwowski Jan Daniłowicz ufundował pomnik nagrobny Jana z Dukli. Figurę wyrzeźbił z czerwonego marmuru Jan Kapinos. Żelazną galerię w chórze wykuł w 1642 kowal Paweł z Nowego Sącza.

Tak bogaty wystrój świątynia bernardyńska zawdzięczała licznym donacjom najpotężniejszych rodów żyjących na Rusi: Mniszchów, Sieniawskich, Żółkiewskich i Zamoyskich, a także arcybiskupa lwowskiego Jana Dymitra Solikowskiego.

Kościół bernardyński był świadkiem wielu ważnych wydarzeń;