W dniu 30 czerwca 1955 r. Centralna Komisja Kwalifikacyjna dla pracowników nauki nadała Rostworowskiemu tytuł docenta (nie było wówczas habilitacji). Opiniodawcami wniosku o docenturę byli znani historycy Witold Kula i Kazimierz Lepszy. Wkrótce, bo 16 kwietnia 1956 r., Rostworowski został członkiem Pracowni Edytorskiej i Stosunków Międzynarodowych. Niedługo potem (kwiecień 1956 r.) przeszedł do Pracowni edytorskiej Działu II Instytutu PANJ. Michalski, J. Tazbir, Rostworowski Emanuel Mateusz (1923–1989), [w:] Polski Słownik Biograficzny, t. XXXII, Wrocław–Warszawa–Kraków 1990, s. 184..
22 września 1961 r. Rostworowski został profesorem nadzwyczajnym. Jego dorobek analizował historyk Józef Dutkiewicz, który w opinii wyraził się pozytywnie o jego dużym dorobku naukowym, choć wyraził wątpliwość, czy aby spośród wówczas pracujących docentów na UJ, akurat on, jako pierwszy miałby być mianowanyP. Bliński, Z. Zielińska, Emanuel Rostworowski – droga na historiograficzny Olimp, [w:] W kręgu badaczy dziejów politycznych XVIII wieku. Józef Feldman – Emanuel Rostworowski – Jerzy Michalski, pod red. Z. Zielińskiej i W. Kriegseisena, Warszawa 2010, s. 40..