Dążąc do uniezależnienia się, w 1952 r. Rostworowski rozpoczął pracę w zespole do edycji Materiałów do dziejów Sejmu Czteroletniego powstałym przy Polskim Towarzystwie Historycznym, później przy IH PAN. Wydawanie materiałów do dziejów sejmu wielkiego umożliwiało pracę bez otoczki metodologiczno-ideologicznej. Rostworowski uczestniczył w tym dziele do wydania ostatniego – szóstego tomu (1969) poświęconego kwestii żydowskiej. Wniósł ok. 50% wkładu merytorycznego.
Praca przy wydawaniu źródeł umożliwiła mu z dniem 1 maja 1955 r. uzyskania etatu adiunkta w Pracowni Badań Agrarnych IH PANP. Bliński, Z. Zielińska, Emanuel Rostworowski – droga na historiograficzny Olimp, [w:] W kręgu badaczy dziejów politycznych XVIII wieku. Józef Feldman – Emanuel Rostworowski – Jerzy Michalski, pod red. Z. Zielińskiej i W. Kriegseisena, Warszawa 2010, s. 24..