W tym samym roku został szefem Pracowni Stosunków Międzynarodowych IH PAN. W 1964 r. został członkiem Rady Naukowej Instytutu Historii. W latach 1957–1966 był także sekretarzem krakowskiego Oddziału Komisji Historycznej PAN. W latach 1966–1969 pełnił funkcję zastępcy przewodniczącego Oddziału, a następnie do 1983 r. przewodniczącego. Po rezygnacji otrzymał tytuł honorowego przewodniczącegoP. Bliński, Z. Zielińska, Emanuel Rostworowski – droga na historiograficzny Olimp, [w:] W kręgu badaczy dziejów politycznych XVIII wieku. Józef Feldman – Emanuel Rostworowski – Jerzy Michalski, pod red. Z. Zielińskiej i W. Kriegseisena, Warszawa 2010, s. 40–41..
W dniu 9 stycznia 1971 r. po pozytywnej opinii recenzenta – Witolda Kuli – został mianowany profesorem zwyczajnym.
W 1964 r. został z wyboru znakomitego mediewisty Tadeusza Manteuffla trzecim redaktorem Polskiego Słownika Biograficznego. Pracował na tym stanowisku aż do śmierci. Napisał łącznie 66 biogramów, zaś jako redaktor zredagował 21 tomów, od litery J do R, łącznie ok. 13 000 biogramówP. Bliński, Z. Zielińska, Emanuel Rostworowski – droga na historiograficzny Olimp, [w:] W kręgu badaczy dziejów politycznych XVIII wieku. Józef Feldman – Emanuel Rostworowski – Jerzy Michalski, pod red. Z. Zielińskiej i W. Kriegseisena, Warszawa 2010, s. 41..