Członkiem drużyny w grze jest także pies Whiskey, który potrafi transportować drobne przedmioty oraz odwracać uwagę wrogich strażników.
W działaniach graczowi przeszkadzają obdarzeni sztuczną inteligencją wrodzy strażnicy. Żołnierze wroga mają określone pole widzenia (zależne od tego, czy bohater kierowany przez gracza przyjmuje pozycję stojącą, czy leżącą), którego przekroczenie przez postacie gracza powoduje reakcję strażników. Po dostrzeżeniu postaci gracza wrogowie potrafią organizować siły – część z nich zostaje na stanowisku, pozostali zaś zostają przydzieleni do ataku lub poszukiwania dywersantaCommandos 2 Manual, s. 30.. Patrole przeprowadzane przez nich, w przypadku zagrożenia atakiem gracza, obejmują większą część terenu niż podczas zwykłego rozpoznaniaCommandos 2 Manual, s. 32.. Dodatkowo do akcji może wkroczyć elitarna piechota. Zaalarmować straż mogą także wojskowe dobermany i cywileCommandos 2 Manual, s. 33.. Jednak żołnierze wroga są podatni na napoje alkoholowe – zasypiają po wypiciu butelki zawierającej trunkiCommandos 2 Manual, s. 36.. Ponadto nie zauważają komandosów ukrytych w cieniu, a po zgubieniu przez gracza pościgu wracają na swoje stanowiska. Kierowane przez gracza postacie mogą zginąć nie tylko w walce z nieprzyjacielem, ale również w wyniku przechłodzenia organizmu lub braku dostępu do tlenu.