Mają także ograniczoną wytrzymałość.
W grze Commandos 2 znajduje się 12 misji, w tym dwie treningowe. Rozgrywają się one we Francji, w Niemczech, na Oceanie Arktycznym, w Indiach, Japonii i Azji Południowo-Wschodniej. Zadania wykonywane na tych terenach sprowadzają się do destrukcji wrogich obiektów, uwalniania więźniów, szpiegostwa lub obrony stanowiskCommandos 2 Manual, s. 3.. Podczas wykonywania misji można odnaleźć fragmenty układanki ze zdjęciami kierowanych bohaterów. Za zebranie wszystkich części gracz otrzymuje nagrodę w postaci dodatkowych poziomówCommandos 2 Manual, s. 5.. Po zakończeniu misji gra ocenia sposób jej wykonania przez gracza. Premiowane jest w niej wykonywanie zadań opcjonalnych, dyskrecja oraz obezwładnianie przeciwników zamiast ich zabijania.
Zmiany w stosunku do poprzedniej części serii polegają na usprawnieniu działania sztucznej inteligencji oraz rozszerzeniu zakresu ogólnych umiejętności komandosów. Zyskali oni zdolność przenoszenia zwłok, przebierania się w stroje wrogich strażnikówCommandos 2 Manual, s. 34., używania zestawów pierwszej pomocyCommandos 2 Manual, s. 40., prowadzenia pojazdów oraz przecinania drutów kolczastychCommandos 2 Manual, s. 39.. Wszyscy bohaterowie mogą też użyć karabinów i pistoletów maszynowychCommandos 2 Manual, s. 43.. Druga część gry Commandos została również wyposażona w nowy silnik obsługujący grafikę trójwymiarową.