Wykorzystywali to co przebieglejsi heretycy, którzy nieraz specjalnie oddawali się w ręce inkwizycji tylko po to, żeby zadenuncjować katolików, czy też zwykli ludzie, którzy przy pomocy inkwizycji załatwiali osobiste porachunki.
Konrad nie stosował się też do zasady, by w Trybunale Inkwizycyjnym zasiadał miejscowy biskup. Lekceważył opinie arcybiskupów. Gdy najpierw sam arcybiskup Moguncji, a potem wspólnie z arcybiskupami Kolonii i Trewiru zaczął upominać Konrada, by w swoim postępowaniu był bardziej umiarkowany, ten zaczął w Moguncji publicznie głosić kazania przeciwko niemu. W prowadzeniu spraw inkwizycyjnych Konrad z Marburga wspierany był przez dwóch fanatycznych pomocników, niedawno nawróconych z herezji: Konrada Dorso (dominikanina) i Jana zwanego "jednookim" (człowieka świeckiego). Pozbawiony kontroli skazał na stos wielu domniemanych heretyków.