Kiedy oskarżył o herezję hrabiego Solms, Anesberg, hrabinę Lotz, a zwłaszcza hrabiego Sayn Henryka II, ten ostatni odwołał się do arcybiskupa Moguncji, Zygfryda III z Eppstein. Arcybiskup 25 lipca 1233 zwołał synod, na którym obecni byli możni oraz panowie świeccy z królem Henrykiem na czele. Arcybiskup stwierdził niewinność hrabiego. Rozzłoszczony takim obrotem sprawy Konrad zaczął głosić w Moguncji krucjatę przeciwko tym oskarżonym możnym, którzy jednak nie przybyli. Jego wezwania nie znalazły jednak zrozumienia, w związku z czym postanowił udać się z powrotem do Marburga. Jednak w Belterhausen został zabity przez krewnych jednej ze swoich licznych ofiar. Według profesor teologii Uty Ranke-Heinemann padł ofiarą oporu przeciw zainicjowanemu przez siebie prześladowaniu ludzi w Niemczech z powodu herezji.
W tym samym czasie, po synodzie w Moguncji, wysłano do papieża posła, aby poinformował go o nadużyciach popełnianych przez Konrada z Marburga i zasięgnął opinii w tej sprawie. Grzegorz IX zaniepokoił się tym, jednak późniejsza wiadomość o zabiciu Konrada go rozgniewała.