Pojawienie się licznych, wiernych wobec Dżakarty mniejszości oraz brak korzyści z eksploatacji miejscowych złóż naturalnych doprowadziło w 1976 roku do powstania ruchu Aceh Merdeka, domagającego się niepodległości. Rząd centralny odpowiedział prześladowaniami Aczinów. Wielu działaczy niepodległościowych zostało internowanych, a bojowników z Aceh Merdeka ścigało wojsko. Mimo to ruch niepodległościowy nadal istniał i na różne sposoby walczył o osiągnięcie swoich celów. Sytuacja w Acehu stała się na tyle poważna, że w 1989 roku Dżakarta uznała region za kolejny, obok Timoru MOA (obszar działań wojskowych) i wprowadziła doń dodatkowe 12 tysięcy żołnierzy. Wielu zwolenników niepodległego Acehu zostało wówczas zamordowanych lub trafiło do więzień i stało się ofiarami tortur. Dziesięć lat później prezydent Jusuf Habibie ogłosił zakończenie operacji. Prześladowania doprowadziły do zwiększenia popularności organizacji Aceh Merdeka, która zaraz po wycofaniu się części wojsk z prowincji wznowiła walkę. W efekcie rząd indonezyjski ponownie rozpoczął prześladowania Aczinów, co jednak nie przyniosło pożądanych efektów. W 2001 roku Indonezja zgodziła się w końcu na realizację części postulatów ruchu niepodległościowego.