Początkowo dążyli oni do stworzenia odrębnego państwa, ale pod wpływem działalności Sukarno, który obiecał im szeroką autonomię, ostatecznie zgodzili się zostać częścią tego państwa.
Obietnice Sukarno nie zostały jednak spełnione. Aceh stał się częścią prowincji Północnej Sumatry, a władze promowały sekularyzm, któremu sprzeciwiali się miejscowi liderzy, dążący do ustanowienia szariatu. Wobec niespełnienia obietnic gubernator Acehu ogłosił w 1953 roku powstanie nowego, islamskiego państwa na administrowanych przez siebie terenach. Doprowadziło to do krwawej wojny, w wyniku której Sukarno ostatecznie zgodził się nadać Acehowi specjalny status, co umożliwiło częściową islamizację prawa i edukacji. Ugoda ta nie zawierała jednak porozumienia co do podziału zysków z wydobycia miejscowej ropy i gazu. Rząd centralny rozpoczął również proces osiedlania w Acehu Jawajczyków, Balijczyków i Maduryjczykow. Balijczycy byli wyznawcami hinduizmu, zaś Jawajczycy i Maduryjczycy, choć w większości byli muzułmanami, to mieli zazwyczaj mniej ortodoksyjne podejście do religii.