W 1942 roku Aceh, w wyniku II wojny światowej znalazł się pod okupacją Japonii, co doprowadziło do powstania lokalnego ruchu oporu, wspieranego przez wojska holenderskie. W czasie walk zginęło około 10 tysięcy żołnierzy holenderskich i ponad 100 tysięcy Aczinów. Po stronie Japończyków opowiedziały się jednak elity rządzące.
Mimo intensywnej działalności partyzanckiej, Aczinom nie udało się wyzwolić swojej ojczyzny. Kres okupacji japońskiej był spowodowany kapitulacją tego państwa przed siłami Aliantów. Klęska Japonii i słabość mocarstw kolonialnych spowodowały ożywienie działalności niepodległościowej wielu ludów Indonezji, które 19 sierpnia 1945 zadeklarowały niepodległość. Holendrzy próbowali odzyskać kontrolę nad archipelagiem, ale spotkali się ze zbrojnym oporem i w 1949 roku zostały zmuszone do uznania niepodległości Indonezji. W czasie wojny w Acehu ponownie starły się dwa stronnictwa – proholenderskie elity rządzące i dążący do niepodległości przywódcy religijni. Wycofanie się Holendrów doprowadziło do zwycięstwa stronnictwa religijnego i niepodległościowego, którego liderzy stali się teraz siłą rządzącą.