Trafił do jednej drużyny wraz z Obito i podkochującą się w nim Rin Noharą. Rok później awansował do rangi chūnina, zaś w wieku 13 lat mianowano go jōninem.
W dzień awansu na jonina Kakashi został przydzielony przez Minato do przewodzenia misji mającej na celu zmianę losów trwającej wojny na korzyść Konoha. Gdy Rin zostaje pojmana przez wrogich ninja, Kakashi chce zostawić ją w rękach wroga i wykonać misję. Obito sprzeciwia się, twierdząc, że ten, który porzuca swoich przyjaciół, jest gorszy niż śmieć, a ojciec Kakashiego dobrze postąpił, ratując swoich przyjaciół. Poruszony przez słowa Obito, Kakashi dołącza do niego pomimo utraty lewego oka. Po znalezieniu Rin, wróg głazem miażdży prawą część ciała Obito. Gdy naokoło nich jaskinia zaczyna się zapadać, a Obito nie może się uwolnić, zmusza swoich przyjaciół do ratowania się ucieczką. Przed odejściem Obito postanawia przekazać Kakashiemu Sharingana, który zostaje wszczepiony przez Rin w miejsce wcześniej straconego podczas potyczki lewego oka. Z nowym okiem Kakashi wraz z Rin uciekają z walącej się jaskini, kończąc misję i opłakując śmierć Obito. Podczas tego samego konfliktu w innych okolicznościach Rin zostaje porwana przez shinobi z Kirigakure aby posłużyła im jako nowy jinchūriki dla Trójogoniastego, który przebudzi się gdy wróci ona do Konohy.