Rin podczas ucieczki jest ścigana przez oddział ANBU Kirigakure i gdy napotyka na swojej drodze Kakashiego prosi go o zabicie jej w ochronie wioski, czego on odmawia. Kiedy Kakashi aktywuje Chidori podczas walki z wrogimi ninja Rin przeszkodziła mu w ataku i nabiła się na jego rękę, co spowodowało jej śmierć. Kakashi pada ze łzami w oczach i przeżywa szok po utracie obydwojga przyjaciół z drużyny.
Wkrótce po wojnie Minato zostaje wybrany na Czwartego Hokage, zaś Kakashiego czyni swoją prawą ręką. Sądząc, że w ten sposób pomoże chłopakowi wyleczyć rany po stracie Obito i Rin, przydziela go do ANBU, gdzie z czasem Kakashi staje się dowódcą oddziału Ro. Po wielu latach służby do jego oddziału dołączają Tenzō – chłopak będący członkiem specjalnego oddziału ANBU o nazwie Korzeń oraz Itachi Uchiha. Kakashi wykonując wiele misji polegających na zabijaniu innych stawał się coraz bardziej bezwzględny i pogrążony w ciemnościach. Ostatecznie Trzeci Hokage na prośbę zaniepokojonego Guya oddelegowuje Kakashiego z ANBU i czyni go zwykłym jōninem-opiekunem.