Wirakocza a Quetzalcoatl Mimo że Indianie peruwiańscy najprawdopodobniej nigdy nie zetknęli się z ludami meksykańskimi, mit Wirakoczy, w tym przekazy o jego wyglądzie oraz opowieść o odejściu i zapowiedzianym powrocie, wykazuje uderzające podobieństwo do azteckiego mitu o bogu Quetzalcoatlu. Zbieżności te stały się podstawą do rozmaitych spekulacji na temat genezy kultu Wirakoczy i Quetzalcoatla. Zdaniem niektórych naukowców opowieści te opisują autentyczne postaci historyczne, choć w formie zmitologizowanej, a więc dalece przekształconej. Jednym z najbardziej znanych zwolenników teorii o możliwych w zamierzchłych czasach podróżach oceanicznych był norweski etnograf i podróżnik, Thor Heyerdahl.
Podczas podboju Imperium Inków przez hiszpańskich konkwistadorów pod wodzą Francisca Pizarra mit o powrocie zza oceanu białego, brodatego boga, oraz szerzący się wśród Inków pogląd, iż to właśnie Hiszpanie są zapowiedzianymi posłańcami Wirakoczy, stał się główną przyczyną paraliżu decyzyjnego, jaki ogarnął elity inkaskiego państwa, co w znaczący sposób wpłynęło na klęskę Inków.