Zgodnie ze swoją polityką religijną wobec podbitych ludów, Inkowie włączywszy Wirakoczę do swojego panteonu, utożsamili go z czczonym przez zamieszkujący w sąsiedztwie dzisiejszej Limy lud Huari, prastarym bogiem Pacha Kamaqiem, którego imię tłumaczy się jako Stwórca Świata. Znajdująca się w stolicy Huari, mieście Pachacámac, wyrocznia tego boga, wielowiekowa już w czasach Inków, będąca wielką piramidą-świątynią, gdzie od niepamiętnych czasów czczono prosty, drewniany posąg Pacha Kamaqa, cel licznych pielgrzymek i jedno z najświętszych miejsc inkaskiego królestwa, stała się tym samym najważniejszym miejscem synkretycznego kultu Pacha Kamaqa – Wirakoczy. Drugim wielkim sanktuarium Wirakoczy był chram znajdujący się w kompleksie świątyni Coricancha w Cuzco. Czczony był tu wykonany z litego złota wizerunek boga, zgodnie z przekazami mający wysokość dziesięcioletniego dziecka.