Mykotoksyny mogą być przyczyną ostrych i przewlekłych zatruć (także śmiertelnych), powodują dolegliwości ze strony przewodu pokarmowego (nudności, biegunka, wymioty), a niekiedy także: ciężkie uszkodzenia wątroby, euforię, halucynacje, stany zapalne skóry, zaburzenia neurologiczne (np. drgawki), krwotoki, mogą powodować nowotwory oraz poronienia, uszkodzenia płodu i jego potworkowatość.
Mykotoksyny o działaniu fitotoksycznym Silne zootoksyny, takie jak aflatoksyny, ochratoksyna A, cytrynina i patulina, hamują także przemianę materii roślin, np. hamują kiełkowanie nasion i wzrost siewek, hamują biosyntezę białka. Może to być wykorzystane jako prosty i szybki test do oceny ich fitotoksyczności. Ich działanie toksyczne na rośliny jest znacznie słabsze, niż na zwierzęta, np. aflatoksyny B1 stukrotnie, nie są więc dla roślin szczególnie groźne. Mogą odgrywać pewną rolę w przypadku silnego rozwoju wytwarzających je grzybów na nasionach zbóż i roślin oleistych po zbiorze, powodując zmniejszenie ich zdolności kiełkowania. Wśród gatunków grzybów to powodujących wykryto głównie Penicillium cyclopium, Aspergillus candidus, Aspergillus flavus.