W zależności od organu, którego uszkodzenia powodują, mykotoksyny dzieli się na kilka grup: dermatotoksyny – uszkadzają skórę i błony śluzowe (T-2 toksyna i inne trichoteceny) hepatotosyny – uszkadzają wątrobę (aflatoksyna B1 i inne) kardiotoksyny – powodują choroby serca i układu krwionośnego (moniliformina) nefrotoksyny – uszkadzają nerki (ochratoksyna A) neurotoksyny – wywołują uszkodzenia centralnego układu nerwowego (fumonizyna B1, alkaloidy sporyszu) pulmotoksyny powodują obrzęki płuc (fumonizyna B1) Wśród mykotoksyn o działaniu ogólnoustrojowym wyróżnia się trzy grupy: mykohormony – zaburzają regulację hormonalną (zearalenon i pochodne) immunotoksyny – osłabiają odporność organizmu (trichoteceny i szereg innych mykotoksyn) związki rakotwórcze – powodują powstawania nowotworów (aflatoksyny, fumonizyny, ochratoksyny). Gatunki z rodzaju Fusarium wytwarzają mykotoksyny należące do wszystkich tych grup. Szereg mykotoksyn wykazuje różnorodne działanie: rakotwórcze, cytotoksyczne, embriotoksyczne, teratogeniczne i mutageniczne.