Calles początkowo zlekceważył te zajścia i nie docenił powstańców, z których wielu miało już wcześniejsze wojskowe doświadczenie. W walce partyzanckiej wsławili się dwaj duchowni: ks. Aristeo Pedroza i ks. José Reyes Vega (oprócz nich w szeregach powstańców znalazło się jeszcze 3 księży). Wielu księży było tajnymi współpracownikami powstańców. Dopiero po pojawieniu się nowych dowódców: Victoriano Ramireza, a zwłaszcza generała Enrique Gorostiety, w ruch powstańczy wstąpił nowy duch. Vega stanął na czele ataku na pociąg, w trakcie którego zginął jego brat. Vega w akcie zemsty podpalił wagony benzyny, doprowadzając do śmierci 51 cywili znajdujących się w pociągu (choć nie jest pewne, czy wiedział, że w pociągu znajdują się jeszcze ludzie). Masakra doprowadziła do zmniejszenia poparcia dla powstańców. Rząd wydalił z Meksyku biskupów. Wzmogły się okrucieństwa powstańców, ksiądz Vega nakazał zabijanie pojmanych żołnierzy za pomocą bagnetów, aby zaoszczędzić amunicję.
Po zakończeniu w 1928 kadencji prezydenckiej Callesa prezydentem został wybrany Álvaro Obregón. Został on zamordowany przed objęciem urzędu przez katolickiego zamachowca José de Leóna Torala.