Dowódcy poszczególnych jednostek podlegali rozkazom pośrednio lub bezpośrednio wydawanym przez Gieorgija Żukowa, od 1941 roku szefa Sztabu Generalnego.
Założenia fortyfikacji thumb|upright=1.2|Schemat Linii Mołotowa na mapie Stalin wybrał koncepcję budowy umocnień bezpośrednio w pasie granicznym, z wykorzystaniem przeszkód naturalnych (w szczególności rzeki Bug). Odrzucona koncepcja, promowana przez szefa Sztabu Generalnego marszałka Szaposznikowa, przewidywała budowę umocnień w odległości kilkudziesięciu kilometrów od granicy, co utrudniłoby Niemcom obserwację prac i pozwoliło stworzyć głębokie, umocnione przedpole. W trakcie budowy kilkakrotnie zmieniały się koncepcje założeń operacyjnych Armii Czerwonej. Powodowało to korekty przebiegu linii umocnień i zmiany nasilenia prac na poszczególnych odcinkach. Ostatecznie linia żelbetowych i pancernych fortyfikacji stałych uzupełnionych o fortyfikacje polowe miała ciągnąć się od Bałtyku w okolicach Połągi na Litwie, aż za Przemyśl na południu.
Pomimo niespełnienia swego głównego zadania Linia Mołotowa miała duże znaczenie.