W 1939 roku budowano między innymi schrony wzdłuż linii Bugu, blisko Drohiczyna, które w przyszłości stały się częścią Brzeskiego Rejonu Umocnionego.
Nazwa Podczas budowy i działań wojennych fortyfikacja była nazywana przez wojsko ZSRR „umocnieniami nowej granicy państwowej”. Poszczególne odcinki określano skrótami i numerami identyfikacyjnymi, np. skrót UR Nr 46 (ros. УР № 46) oznaczał Telszański Rejon Umocniony, skrót UR Nr 64 (ros. УР № 64) Zambrowski Rejon Umocniony.
Nazwa Linia Mołotowa jest stosowana od niedawna. Prawdopodobnie jako pierwszy sformułował ją Wiktor Suworow, rosyjski pisarz, uprzednio oficer armii radzieckiej i funkcjonariusz GRU, we francuskim wydaniu książki Lodołamacz z 1988 roku (pierwsze polskie wydanie publikacji pojawiło się w 1992 roku). Nawiązuje ona do nazwiska Wiaczesława Mołotowa i podpisania radziecko-niemieckiego paktu o nieagresji. Szybko stała się popularna i używana w publikacjach historycznych.
Sam Mołotow, zajmujący się w tych latach polityką zagraniczną, nie planował budowy fortyfikacji wojskowych i nie kierował działaniami na froncie, związanymi z linią nazwaną jego nazwiskiem.