Zarząd PKEChB nie akceptował metod, jakie Jerzy Sacewicz stosował przy pozyskiwaniu obiektów sakralnych na Pomorzu i Mazurach, ponadto żądano rozwiązania Komitetu Wykonawczego ZKCh (funkcjonował nadal pomimo wejścia do PKEChB). W związku z tym w listopadzie 1946 przywódcy zborów ZKCh zdecydowali o wystąpieniu swojego środowiska ze struktur PKEChB.
13 listopada 1945 wznowiło działalność Zjednoczenie Kościołów Chrystusowych Wyznania Ewangelicznego w Polsce. Funkcjonowały wówczas 4 zbory w województwie białostockim (Siemiatycze, Boćki, Milejczyce, Grodzisk), 8 w mazurskim (Olsztyn, Lidzbark Warmiński, Kętrzyn, Mrągowo, Rumy, Świętajno, Ruskowo, Pasłęk) oraz w Gdańsku, Sosnowcu i 1 w lubelskim (Muratyn)..
W 1948 wydano pierwszy numer miesięcznika „Jedność” w nakładzie 2000 egzemplarzy. Wydano „Śpiewnik Kościoła Chrystusowego” w nakładzie 10 tysięcy egzemplarzy oraz kilka broszur.