Okres II wojny światowej Wybuch II wojny światowej spowodował, że część zborów znalazła się w Generalnym Gubernatorstwie, Prusach Wschodnich, na Białorusi, Ukrainie i w Rzeszy. Większość zborów znajdowała się na terenach Ukrainy. Granice ustalone przez okupantów utrudniały w prowadzeniu pracy, najtrudniejsze jednak warunki były w Generalnym Gubernatorstwie. W maju 1941 zabroniono urządzania zebrań religijnych. Tam, gdzie było to możliwe zbory przyłączyły się do Związku Nieniemieckich Ewangelicko-Wolnokościelnych Zborów (baptyści). Podczas wojny wielu liderów zostało wywiezionych do Rzeszy, obozów koncentracyjnych bądź łagrów sowieckich. W wyniku zmiany granic po II wojnie światowej 72 zbory znalazły się za wschodnią granicą. Zbory te weszły w skład narzuconej przez władze Ogólnozwiązkowej Rady Ewangelicznych Chrześcijan Baptystów w ZSRR.

Okres Polski Ludowej W 1945 zbory ZKCh weszły w skład Polskiego Kościoła Ewangelicznych Chrześcijan Baptystów i utworzyły działające wewnątrz niego ugrupowanie. Utrzymywało ono jedynie ograniczone relacje z PKEChB, co wynikało z obawy przed utratą odrębności organizacyjnej wewnątrz tego związku wyznaniowego przez dawne zbory ZKCh.