po początkowej odmowie, że nie ma kwalifikacji do takiej pracy, de Ruyter spróbował swych sił pod wodzą admirała Maartena Trompa, wygrywając bitwę pod Plymouth. Śmierć Trompa podczas bitwy pod Scheveningen zakończyła wojnę i de Ruyter odrzucił ofertę Johana de Witta, by przejąć naczelne dowództwo, ponieważ uważał, że nie nadaje się do tego, a także obawiał się, że pominięcie reguły starszeństwa skonfliktuje go z Witte de With i Johanem Evertsenem (później de Ruyter i de With stali się bliskimi przyjaciółmi). W takim przypadku nowym naczelnym dowódcą połączonej floty został pułkownik Jacob van Wassenaer Obdam. De Ruyter – po taktownej odmowie proponowanego stanowiska asystenta Obdama – pozostał w służbie w holenderskiej marynarce wojennej i później przyjął ofertę admiralicji Amsterdamu, stając się jej wiceadmirałem 2 marca 1654. Do miasta przeniósł się z rodziną w 1655.
Lata 1655-1663 W lipcu 1655 de Ruyter objął dowództwo ósmej eskadry z okrętem flagowym „Tijdverdrijf” i popłynął na Morze Śródziemne eskortując 55 statków kupieckich. Jego rozkazy miały chronić holenderski handel. Spotkawszy angielską flotę dowodzoną przez Roberta Blake'a, postanowił uniknąć incydentu.