Kolejne ważne dzieło Czukowskiej Спуск под воду (Zejście pod wodę) opisuje w formie pamiętnika niepewne doświadczenia Achmatowej i Michaiła Zoszczenki. Publikacja tej książki również została zakazana w jej ojczyźnie. W 1964 r. Czukowska wypowiadała się przeciwko prześladowaniom młodego Iosifa Brodskiego; zrobiła to również dla Sołżenicyna i Andrieja Sacharowa. Napisała szereg listów popierających Sołżenicyna; zostały one opublikowane w Monachium w 1970 roku.
Do śmierci Stalina w 1953 r. Czukowska stała się szanowaną postacią w środowisku literackim, jako jedna z redaktorek miesięcznika kulturalnego Literaturnaja Moskwa. Pod koniec lat pięćdziesiątych Sofia Petrovna w końcu przedostała się do sowieckich kręgów literackich w formie rękopisu za pośrednictwem samizdatu. Nastała odwilż Chruszczowa i książka miała zostać opublikowana w 1963 r., ale w ostatniej chwili wstrzymano ją ze względu na „wypaczenia ideologiczne”. Nieustraszona jak zawsze Czukowska pozwała wydawcę o pełne tantiemy i wygrała. Książka została ostatecznie opublikowana w Paryżu w 1965 roku, ale bez zgody autorki i pod nieco niedokładnym tytułem Opuszczony dom. Do tekstu wprowadzono także pewne nieautoryzowane zmiany.