Panowanie Filipa to początek ekonomicznego kryzysu Hiszpanii. Gigantyczny import złota i srebra z kolonii podkopał ekonomiczne podstawy państwa. Pieniądz zaczął stopniowo tracić na wartości. Kraj nawiedzały kryzysy ekonomiczne. Filip musiał cztery razy ogłaszać bankructwo swojego królestwa. "Owoce” kryzysu zebrały jednak dopiero następne pokolenia.
Polityka zagraniczna Od początku panowania Filipa II głównymi rywalami Hiszpanii były inne wielkie mocarstwa: Francja, Imperium Osmańskie i Anglia. Pod koniec XVI w. dołączyła do nich Holandia, która uniezależniła się od Hiszpanii w trakcie powstania w Niderlandach, co stanowiło największą porażkę Filipa II. Zrekompensował ją częściowo sukcesem, jakim było opanowanie Portugalii (wraz z jej koloniami).
Wojny z Francją Od początku swojego panowania Filip musiał toczyć wojnę z Francją, rozpoczętą jeszcze przez swojego ojca. W 1557 Francuzi ponieśli klęskę pod Saint-Quentin. Rok później przegrali pod Gravelines. 3 kwietnia 1559 Francja i Hiszpania podpisały pokój w Cateau-Cambrésis, kończący wojny włoskie trwające od 1494. Francuzi zrzekali się swoich pretensji do Włoch, Hiszpanie pozostawiali im nabytki terytorialne w Lotaryngii.