Przez kolejne lata Francja była targana wojnami religijnymi między hugenotami a Ligą Katolicką. Filip nie brał udziału w tym konflikcie do 1584, kiedy to zmarł młodszy brat króla Francji, Franciszek Hercules Walezjusz. Król Henryk III nie posiadał męskiego potomka. Był równocześnie ostatnim męskim przedstawicielem dynastii Walezjuszów. Jego bezpotomna śmierć oznaczała, że tron Francji przypadnie hugenotowi, królowi Nawarry Henrykowi Burbonowi. To było nie do zaakceptowania dla Filipa, który zaczął finansowo wspierać Ligę Katolicką. W 1586 wybuchła kolejna wojna. W 1589 król Henryk III został zamordowany przez fanatycznego mnicha. Henryk z Nawarry został królem jako Henryk IV.
14 marca 1590 Henryk IV pokonał wojska Ligi Katolickiej pod Ivry i rozpoczął oblężenie Paryża. Od zawsze prokatolickie mieszczaństwo stolicy nie zamierzało kapitulować przed heretykiem, nawet kiedy zaglądała im w oczy śmierć głodowa. Doczekali jednak hiszpańskiej odsieczy, którą z Niderlandów przywiódł książę Farnese. Książę odparł później Henryka spod murów Rouen.