W 1592, pod pozorem wyprawy przeciwko Francji, wojska królewskie wkroczyły do Aragonii, szybko likwidując kolejne ogniska buntu. Pérez uciekł do Francji, gdzie zmarł w 1611. Inni odpowiedzialni za rozruchy zostali straceni. Książę Villahermosa, który jako jedyny z arystokratów poparł bunt, zmarł w więzieniu.
Sprawa Péreza dała Filipowi argument za likwidacją partykularyzmów aragońskich. Od tamtej pory Najwyższy Sędzia mógł zostać odwołany przez króla. Urząd wicekróla mógł zostać powierzony osobom spoza Aragonii. Odebrano prawie wszystkie uprawnienia aragońskim Kortezom. Były one od tej pory zwoływane tylko dla spraw podatkowych.
thumb|Dokument z podpisem Filipa II Filip II znacznie rozwinął zasięg działania inkwizycji, a podległość ortodoksji Kościoła ustanowił jako jeden z najważniejszych celów swojej polityki. W 1559, trzy lata po dojściu Filipa do władzy, uchwalono przepisy zakazujące studentom podróży zagranicznych oraz wprowadzające cenzurę, na której czele stali dostojnicy inkwizycji. Zabroniono importu książek oraz starano się usunąć wszystkie dzieła luterańskiej i kalwińskiej literatury, mając nadzieję na uniknięcie panującego we Francji chaosu. W 1587 Filip wcielił Zakon Rycerzy z Montesy do korony aragońskiej.