Udało się to tylko w przypadku Aragonii.
Likwidacja znacznej części odrębności tego królestwa wiązała się z konfliktami na dworze królewskim. Po objęciu tronu przez Filipa w Radzie Królewskiej ścierały się dwie frakcje. Główną różnicą między tymi frakcjami były poglądy na sposób rozwiązania konfliktów w Niderlandach. Frakcji wojennej przewodził książę Alba, frakcji pokojowej książę Éboli. Ten ostatni zmarł w 1573 i zastąpił go Antonio Pérez. Wkrótce nawiązał on romans z wdową po księciu Éboli.
W 1578 do Hiszpanii przybył sekretarz walczącego z niderlandzkimi buntownikami Don Juana de Austrii, Juan de Escobedo, dawny protegowany Péreza. Na miejscu uznał on, że potężny minister działa na szkodę jego pana i doniósł królowi, że Pérez i księżna Éboli spiskują przeciwko niemu razem z niderlandzkimi powstańcami. Pérez dowiedział się o tym i Escobedo został w 1578 zamordowany na madryckiej ulicy. O zlecenie morderstwa powszechnie oskarżano potężnego ministra. Król zlecił swojemu sekretarzowi, Mateo Vazquezowi, śledztwo w tej sprawie. Uwięziony w 1579 i torturowany Pérez przyznał się do wszystkiego. Nie wyciągnięto jednak w stosunku do niego żadnych innych konsekwencji. W kwietniu 1590 udało mu się uciec z więzienia, po czym udał się do rodzinnej Aragonii.