Nowy król był introwertykiem i gorliwym katolikiem, całe życie zwalczał herezje. Od protestantów otrzymał przydomek „Szatan południa”. Był tytanem pracy, całe dnie spędzał na czytaniu raportów. Apodyktyczny, potrafił jednak trzeźwo i ze stoickim spokojem oceniać sytuację (np. gdy książę Medina Sidonia powrócił po klęsce Wielkiej Armady).
Filip nie lubił wojny i starał się unikać bezpośredniego udziału w działaniach wojennych. Te prowadzili za niego jego wodzowie, do których miał szczęśliwą rękę. Można tu wymienić Fernando Alvareza de Toledo, księcia Alby, hrabiego Egmont, księcia Emanuela Filiberta Sabaudzkiego, księcia Aleksandra Farnese i Don Juana de Austrię.
Polityka wewnętrzna Rządy w Hiszpanii były trudnym zadaniem, głównie ze względu na rozbudowane partykularyzmy dzielnicowe. Zgromadzenia szlachty, czyli Kortezy, istniały w Kastylii, Nawarze, a w Aragonii były aż trzy. Każde z nich zazdrośnie pilnowało dzielnicowych przywilejów. Filip przebywał głównie w wybudowanym przez siebie zespole pałacowo-klasztornym Eskurialu. Stolicę przeniósł w 1560 z Toledo do Madrytu. Filip rządził w sposób absolutny, dla wykonywania jego poleceń powstał rozbudowany aparat biurokratyczny. Celem Filipa była unifikacja poszczególnych hiszpańskich królestw.