W 1922 roku Franciszek Bończak został skierowany przez władze PNKK na misję do odrodzonej Polski. Przybył do Krakowa, gdzie otrzymał zadanie administrowania powołanej tam placówki. Dla propagowania ideologii Polskiego Kościoła Narodowego założył w 1923 roku organ prasowy Polska Odrodzona. Zorganizował także seminarium duchowne i kurię w Krakowie.
W lipcu 1924 roku przybył do Stanów Zjednoczonych Ameryki, aby uczestniczyć w II Nadzwyczajnym Synodzie PNKK w Scranton. Na zgromadzeniu tym został wybrany biskupem PNKK dla diecezji misyjnej - Polski. 17 sierpnia 1924 roku przyjął sakrę biskupią z rąk Franciszka Hodura. Ponownie powrócił do Rzeczypospolitej Polskiej i podjął starania o prawną rejestrację nowej diecezji PNKK.
W 1927 roku Franciszek Bończak wyjechał nagle do Stanów Zjednoczonych Ameryki rzekomo w celu załatwienia spraw kościelnych. Faktycznie jednak porzucił misję. Spowodowane to było ciężkimi warunkami pracy w Polsce, a także względami osobistymi. Kościół mimo starań nie otrzymał uznania prawnego. Franciszek Bończak był atakowany przez środowiska katolickie. Wewnątrz struktur diecezji rosła wobec niego opozycja. Księża zarzucali mu rażące braki w wykształceniu teologicznym i przygotowaniu do kapłaństwa.