Większym problemem był dla niego jednak osobisty konflikt z radą krakowskiej parafii narodowej oraz brak pełnego porozumienia w wielu kwestiach administracyjnych z Pierwszym Biskupem PNKK, Franciszkiem Hodurem.
Po przyjeździe do USA objął probostwo w parafii Zbawiciela w Detroit. W 1928 roku I Synod Kościoła Narodowego w Polsce odwołał go z funkcji biskupa misyjnego PNKK. W 1929 roku Franciszek Bończak powrócił do pracy na parafii Imienia Jezus w Milwaukee. W 1931 roku asystował w uroczystościach konsekracji katedry diecezji zachodniej PNKK w Chicago.
Po II wojnie światowej zaangażował się w dialog ekumeniczny PNKK i Kościoła Episkopalnego Stanów Zjednoczonych AmerykiChurch Units Draw Closer. Episcopal-Polish Rally. The Milwaukee Journal, 22 listopada 1949.. 10 stycznia 1952 roku wspólnie z Leonem Grochowskim uczestniczył w konsekracji biskupa episkopalnego Donalda HallockaRobert Redmile. The Apostolic Succession and the Catholic Episcopate in the Christian Episcopal Church of Canada. s.235. . W 1953 roku przeszedł na emeryturę i przekazał kierowanie parafią w Milwaukee nowemu proboszczowi Walterowi Słowakiewiczowi. Zamieszkał w Mount ProspectPolish National Catholic Parish Here Will Observe. 50th Birthday.