Wbrew ustaleniom powziętym podczas rozmów koalicyjnych ministerstwa obrony narodowej, spraw wewnętrznych i bezpieczeństwa nie zostały powierzone przedstawicielom Irackiego Ruchu Narodowego. Pozostały one w ogóle nie obsadzone, jedynie czasowo obejmował je sam al-Maliki lub jego poplecznicy jako p.o.. Równocześnie nasilał się konflikt religijny między irackimi sunnitami i szyitami, obie strony dokonywały przeciwko sobie ataków terrorystycznych. Nuri al-Maliki oskarżany był, iż nie tylko nie stara się im zapobiegać, ale w dodatku na zlecenie Iranu sprzyja prześladowaniom sunnitów. Premier nie potrafił zapobiec pogrążaniu się kraju w chaosie. W końcu 2011 przeprowadził kolejne masowe aresztowania byłych działaczy partii Baas.
Polityka dyskryminacji sunnitów prowadzona przez al-Malikiego prowadziła do tego, że całkowicie odwracali się oni od państwa irackiego i coraz wyraźniej popierali fundamentalizm islamski. W 2013 czterech sunnickich ministrów odeszło z rządu w geście protestu przeciwko sytuacji w kraju. Al-Maliki nadal posiadał natomiast bezwzględne poparcie Iranu.