20 maja 1959 zażądano jego odwołania z parafii w Koprzywnicy za „wypowiadanie złośliwych dygresji pod adresem obecnego ustroju i władz państwowych”. Zawiązał się wtedy Komitet Społeczny Obrony Księdza Romana Kotlarza, którego członkowie – nie bacząc na osobiste ryzyko – zaczęli zabiegać u władz o zmianę zarządzeń wobec niego. Kuria po zwróceniu mu uwagi starała się uniknąć konfrontacji z władzami państwowymi, decydując się raczej na jego przeniesienie, na inną parafię. W sierpniu 1961 trafił do kolejnej parafii w Pelagowie, położonej w bezpośrednim sąsiedztwie Potkanowa, przemysłowej dzielnicy Radomia. Objął w niej stanowisko wikariusza i zastępcy nieobecnego ze względu na stan zdrowia proboszcza ks. Michała Skowrona. Pełnił tu m.in. posługę duszpasterską dla chorych w pobliskim Wojewódzkim Zespole Psychiatrycznym w Krychnowicach. Jeździł tam 2–3 razy w tygodniu (zazwyczaj furmanką lub rowerem) i odprawiał mszę świętą w szpitalnej stołówce.
Stan jego zdrowia zaczął się z końcem lat 50. znacznie pogarszać. Jeszcze przed przybyciem do Pelagowa (w 1960 i na początku 1961) przeszedł dwie operacje: częściowej resekcji żołądka i dwunastnicy oraz wyrostka robaczkowego.