Potem wielokrotnie poddawał się leczeniu szpitalnemu.
8 listopada 1965 w reakcji na coraz bardziej pogarszające się stosunki między władzami państwowymi a Kościołem, dokonał publicznego aktu oddania parafii Pelagów w niewolę Matce Bożej za wolność Kościoła.
Pomimo ostrzeżeń i napomnień jego niezłomna postawa w obronie praw Kościoła i wiernych była ponownie poddana kolejnej próbie szykan i prześladowań. W piśmie z dnia 5 maja 1970 Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej (Wydział do spraw Wyznań), poinformowało Kurię Biskupią w Sandomierzu o wszczęciu postępowania w sprawie „szkodliwej dla państwa działalności ks. Romana Kotlarza z Pelagowa.
W tym okresie podlegał obserwacji w ramach tzw. teczki ewidencji operacyjnej księdza (TEOK). W zasobach archiwalnych delegatury Instytutu Pamięci Narodowej w Kielcach historycy natrafili na pochodzące z 1958 pismo zastępcy komendanta powiatowego Milicji Obywatelskiej ds. SB w Opocznie do naczelnika Wydziału III SB KW MO w Kielcach przekazujące sprawę „ewidencyjno-obserwacyjną” przeciwko księdzu Kotlarzowi zarejestrowaną pod numerem 1856.
Wydarzenia radomskie