Rozwinął badania nad fonemem, identyfikując go jako składową jeszcze mniejszych elementów – sumę reprezentacji artykulacyjno-fizjologicznych (kinema) i odpowiednich dla nich reprezentacji akustycznych (akusma). Również i to było podejściem prekursorskim, wyprzedzającym rozwiniętą później teorię cech dystynktywnych. Opracował pojęcie i rolę analogii językowej i rolę alternacji fonetycznych. Miał wpływ na rozwój dialektologii polskiej.
Był pierwszym polskim językoznawcą, który zainteresował się mową dziecka. Swoje prace naukowe pisał po polsku, rosyjsku, czesku, słoweńsku, włosku, francusku i niemiecku.
Wydał zbiór aforyzmów zatytułowany Myśli nieoportunistyczne. Pisał w nim: „Akcje z głupoty ludzkiej są najpewniejszemi. Przedsiębiorstwa i stowarzyszenia oparte na takich akcjach będą istnieć wiecznie”.
Rodzina Był dwukrotnie żonaty. Pierwszą jego żoną była luteranka Cezaria z Pryfków (1841–1878), która została pochowana na cmentarzu ewangelicko–augsburskim w Warszawie. Jan Baudouin de Courtenay zostawił jej nekrolog: „Anioł miłości, dobroci i przebaczenia, jedynie śmiercią swoją zasmuciła kochające ją serca.”