Drugą żoną profesora była Romualda z Bagnickich (1857–1935) – historyczka i specjalistka od spraw polsko-rosyjskich. Z tego małżeństwa urodziło się pięcioro dzieci: Cezaria Baudouin de Courtenay (1885–1967) – profesorka etnografii Uniwersytetu Warszawskiego, po II wojnie światowej rektorka Polskiego Uniwersytetu na Obczyźnie. Jej pierwszym mężem był Max Vasmer, niemiecki językoznawca, drugim Stefan Ehrenkreutz, profesor prawa, senator Rzeczypospolitej i ostatni rektor Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie; trzecim Janusz Jędrzejewicz. Zofia Baudouin de Courtenay (1887–1967), malarka i rzeźbiarka, mieszkająca w Częstochowie Świętosław Baudouin de Courtenay (1888–1960), prawnik i dyplomata Ewelina Małachowska-Łempicka (1892–1984), historyczka, zamężna ze Stanisławem Janem Małachowskim-Łempickim (1884–1959) Maria Kieresant-Wiśniewska (1897–1945), prawniczka, której mężem był Sławomir Kieresant-Wiśniewski.
Zmarł 3 listopada 1929 w Warszawie. Pochowany został na cmentarzu ewangelicko-reformowanym przy ul. Żytniej na Woli w Warszawie (kwatera N-2-43), co miało związek z ogłoszoną w 1927 apostazją. mały|Grób prof.