W swoich publicznych wystąpieniach otwarcie krytykował antysemityzm i przejawy zorganizowanej ksenofobii, za co był wielokrotnie atakowany.
W wyborach prezydenckich w Polsce w 1922 jego kandydaturę zgłosiły mniejszości narodowe (bez jego wiedzy); w Zgromadzeniu Narodowym oddano na niego w I turze 103 głosy, w II 10, a w III 5.
Osiągnięcia w językoznawstwie Obszary badań Baudouina de Courteneya to gramatyka porównawcza języków słowiańskich, a również języków litewskiego, łaciny, greki, sanskrytu, historia języka polskiego, historia językoznawstwa czy sztuczne języki (esperanto).
Zajmował się też teorią języka. Podkreślał potrzebę badania nie tylko języka pisanego, ale też mówionego. Był twórcą i głównym przedstawicielem tzw. szkoły kazańskiej, uważanej za prekursora językoznawstwa strukturalnego. Z poglądów i prac tej szkoły czerpał inspirację Ferdinand de Saussure, a również praska szkoła strukturalna. To właśnie Baudouin de Courtenay i Mikołaj Kruszewski wprowadzili takie pojęcia jak system językowy, rozróżnienie między synchronicznym i diachronicznym wymiarem języka, rozumienie fonemu jako jednostki funkcjonalnej różnicującej znaczenia. W późniejszym okresie Baudouin de Courtenay odszedł od tej koncepcji, określając fonem jako psychologiczny ekwiwalent dźwięku.